Barbara Honigmann ist Tochter jüdischer Eltern, welche die Zeit des Nationalsozialismus als Emigranten im britischen Exil überlebten und 1947 nach Berlin zurückgekehrt sind, um den Aufbau eines neuen Deutschland zu unterstützen. Honigmanns Vater Georg Honigmann entschied sich aufgrund seiner kommunistischen Überzeugung zur Remigration in die sowjetische Besatzungszone. Im englischen Exil hatte er Barbara Honigmanns Mutter, die aus Wien stammende Alice Kohlmann (bekannt unter dem Namen Litzi Friedmann), geheiratet.

Nach dem Abitur studierte Honigmann von 1967 bis 1972 Theaterwissenschaft an der Humboldt-Universität. Anschließend war sie als Dramaturgin und Regisseurin in Brandenburg und an der Volksbühne sowie am Deutschen Theater in Ost-Berlin tätig. Seit 1975 ist sie freie Schriftstellerin. Nach der Geburt des ersten Kindes setzte sie sich verstärkt mit der jüdischen Identität auseinander, trat in die jüdische Gemeinde Ost-Berlins ein und heiratete 1981 nach jüdischem Ritus. 1984 reiste sie aus der DDR aus. Sie ist zudem als bildende Künstlerin tätig.

Barbara Honigmann, die Mitglied des P.E.N.-Zentrums deutschsprachiger Autoren im Ausland sowie korrespondierendes Mitglied der Akademie der Wissenschaften und der Literatur Mainz und der Deutschen Akademie für Sprache und Dichtung ist, lebt mit ihrem Mann, dem Leiter des Heidelberger Zentralarchivs zur Erforschung der Geschichte der Juden in Deutschland, Peter Honigmann, in Straßburg.